Если в mysql принудительно указать кодировку cp1251, а потом выполнить смену кодировки базы на UTF-8, то вместо букв "ш" и "И" будут стоять вопросики.
Типичное проявление - бекап баз в кодировке UTF-8 с последующим их восстановлением или просто апдейт CMS, для которых родная кодировка - юникод. Например - Wordpress, Drupal
Изучив Google, было найдено масса подобных проблем но все решение сводилось к удалению базы и заливки их резервной копии, что конечно не может быть решением.